当前位置:首页 > 文章列表 > 文章 > 软件教程 > GATK资源包下载攻略及详细教程

GATK资源包下载攻略及详细教程

2025-05-27 10:18:31 0浏览 收藏

由于从Google Buckets和FTP下载GATK Resource Bundle变得不便,目前只能通过Azure进行下载。本文详细介绍了如何从Azure下载GATK Resource Bundle的步骤,包括资源地址的获取和azcopy工具的使用。通过访问GATK官网和Azure相关页面,可以找到五种不同资源的下载地址,并通过azcopy工具实现高效下载。

由于众所周知的原因,从Google Buckets下载GATK Resource Bundle并不容易,而FTP下载方式自2020年起已关闭,目前只剩下通过Azure下载这一种方法。以下是如何从Azure下载GATK Resource Bundle的详细步骤。

如何下载GATK resource bundle

根据GATK官网关于Resource bundle的说明(https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035890811-Resource-bundle),Azure中的GATK Resource Bundle资源地址可以在GATK Resource Bundle(https://learn.microsoft.com/en-us/azure/open-datasets/dataset-gatk-resource-bundle)中找到。重点关注的是各种Resource bundle的Data Access地址:

datasetgatkbestpractices
West US 2: 'https://datasetgatkbestpractices.blob.core.windows.net/dataset'
West Central US: 'https://datasetgatkbestpractices-secondary.blob.core.windows.net/dataset'
SAS Token: ?sv=2020-04-08&si=prod&sr=c&sig=6SaDfKtXAIfdpO%2BkvNA%2FsTNmNij%2Byh%2F%2F%2Bf98WAUqs7I%3D
<p>datasetgatklegacybundles
West US 2: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpKO8iZScvmykmZSQbqPHqryygJ-B2MZmetmRlZ2ykrllY8OJZZ_HbJyqfKZupMmmn6ONionNx2aHlIHcsaOB336bvIaBaLJ9ipx_jYujss2ra42fhN6ziJiZh6q5s4aYfaqvZIVlvrOSmn-KdnU' rel='nofollow'>https://datasetgatklegacybundles.blob.core.windows.net/dataset</a>'
West Central US: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpKO8iZScvmykmZSQbqPHqryygIqF0b1matmSqqqynbllmcR5aZ2xpoamk6aOrcmV0q2OeXCYx61m2ZK7ta-SrXZgu4p-oMl8hZp5soaiv6q7aIN2eJW-iJyUkqetsYaYepqvnJtotI2gnH2znaKy3bSkgomEl72unKE' rel='nofollow'>https://datasetgatklegacybundles-secondary.blob.core.windows.net/dataset</a>'
SAS Token: ?sv=2020-04-08&si=prod&sr=c&sig=xBfxOPBqHKUCszzwbNCBYF0k9osTQjKnZbEjXCW7gU0%3D</p><p>datasetgatktestdata
West US 2: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpGC8in5kv4B-YImMbqHHqp-hgJ-F28ehhtmcldCukq1pY8WrZam_kYmmioB_aL67tKSYdYTPra1-zpKquWmHqnFgvIabZL99gah-a4Oiss3RbIOGn9GxrpXOhd2ypYa9fWK7rJtx' rel='nofollow'>https://datasetgatktestdata.blob.core.windows.net/dataset</a>'
West Central US: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpGC8in5kv4B-YImMarK_urSulp-JzceinNmR0Nyvkc9lmsRleqCxp5ygkqaLrsmWs62Wn42VsGaDzJyqqrOSvoGaq6t9nq5ripx-faCvs6q7bYJ5iN6xiJXNkd2tboeqm2S8hn1nvrOFqoqNj6Kz0LNt' rel='nofollow'>https://datasetgatktestdata-secondary.blob.core.windows.net/dataset</a>'
SAS Token: ?sv=2020-04-08&si=prod&sr=c&sig=fzLts1Q2vKjuvR7g50vE4HteEHBxTcJbNvf%2FZCeDMO4%3D</p><p>datasetpublicbroadref
West US 2: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKumapHTqKC7ZHqtx2t-m5Omj6Wx0LCrlmSA2r1mat2Stplsmb1lm8RllK6xpm2clHxyo767uKCXZI2Vra1-zoHcsqSSuoFkr3aCoLSNipt9o35rvtCzsYOGnpqze4behpWxs4WYhWG7rIqetIp1bQ' rel='nofollow'>https://datasetpublicbroadref.blob.core.windows.net/dataset</a>'
West Central US: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKumapHTqKC7ZHqtx2t-m5Omj6Wxu7SkjWRw2r57d92dtpmimq1pma6ffqrIpo2llGulrb-qn2uXq2zavoyC2pKqqmmRvn6cxnV9nq6yhZqKgI5otKenaI6GopW-eHrchpWuo4XQm2SxhpigsrOcmn2zh6SzurNqjayiog' rel='nofollow'>https://datasetpublicbroadref-secondary.blob.core.windows.net/dataset</a>'
SAS Token: ?sv=2020-04-08&si=prod&sr=c&sig=DQxmjB4D1lAfOW9AxIWbXwZx6ksbwjlNkixw597JnvQ%3D</p><p>datasetbroadpublic
West US 2: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKquspqYdpvFeoadx4Ckmnymg6vHla-tjWRw3r6HZpeZupmkmpmUqq6fZaDJfHGbiZGLoMiVvGh9q4TPra1_z5K3tW2FqoKcsYaCn7KjfWOJpoaxtLfNbYN5jN-yZn7ehZW5apHgipqxg21x' rel='nofollow'>https://datasetbroadpublic.blob.core.windows.net/dataset</a>'
West Central US: '<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKquspqYdpvFeoadx4CkmnyRh6S-lZ-tjnl93smHZs2aqp2ihNN-psWfhanJa6SlioBya8jcm62Oiojbvnt3lJG7sqWcqX2aq6t9nr-AjWB_fXpov7fRaI52gN2yZnvOhc3PbYe6mJyvrJSesrOGnH6Qhmq-3dF1' rel='nofollow'>https://datasetbroadpublic-secondary.blob.core.windows.net/dataset</a>'
SAS Token: ?sv=2020-04-08&si=prod&sr=c&sig=u%2Bg2Ab7WKZEGiAkwlj6nKiEeZ5wdoJb10Az7uUwis%2Fg%3D</p>

可以看到共有5种资源可供下载,他们的具体解释可参见GATK resource bundle官网。每一种资源有两个服务器地址,分别是West US 2地址和West Central US地址,同时还给出了token值,只需将两者合并在一起即可得到一个合法的Azure资源地址。

为了从Azure下载数据,需要使用azcopy工具。azcopy的安装与使用详情见(https://learn.microsoft.com/en-us/azure/storage/common/storage-use-azcopy-v10)。以下以Linux版本的azcopy为例,下载datasetgatklegacybundles资源

首先,下载并安装azcopy:

wget <a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero2Jq82woWLehJW2r5yYZaPEZHafvpGompJse22xu7-wgXVo2MWLZpWdprGjgd99mrx5hWS0fXlgio2kaL-nr7CCZIHPsZ6cmIe3zKWF4JSar6x-oLOQhWKJs6R1' rel='nofollow'>https://aka.ms/downloadazcopy-v10-linux</a>
mv downloadazcopy-v10-linux az-copy.tar
tar -xvf az-copy.tar<h1>将azcopy添加到PATH中</h1><h1>echo 'export PATH=$PATH:you_azcopy_path' >> ~/.bashrc</h1><h1>source ~/.bashrc</h1>

接下来,将datasetgatklegacybundles的资源地址拼接好:

# West US 2<p>gatklegacybundles_http_1='<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpKO8iZScvmykmZSQbqPHqryygJ-B2MZmetmRlZ2ykrllY8OJZZ_HbJyqfKZupMmmn6ONionNx2aHlIiWsmuIunmnr5xxqLJ9iaR9faClvrqXr4NkfdnHeKXembeVsJvTaZusn3aoyH2smJKRem_Ilq9xjauRzcaMcpuRupWwh5l-oLysYWi2ppJkhGp7e8i4zoSKh4XfyaKhl5HOmX2J0px3r3mjacdshoWFkKmEx8_WoYaJp761ZZSXkpS5sIK6fnWrq32errKGm4qNimyyp7ikg4aJ0LGedpeR0LGyh7qXZbF5ha6za4WqfWuOab7dwKKDg3Si' rel='nofollow'>https://datasetgatklegacybundles.blob.core.windows.net/dataset?sv=2020-04-08&amp;si=prod&amp;sr=c&amp;sig=xBfxOPBqHKUCszzwbNCBYF0k9osTQjKnZbEjXCW7gU0%3D</a>'</p><h1>West Central US</h1><p>gatklegacybundles_http_2='<a target='_blank'  href='https://www.17golang.com/gourl/?redirect=MDAwMDAwMDAwML57hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Juaq6t9nq5roGCUgXuytMyero55fZW9jH_QnKrIoZytpKO8iZScvmykmZSQbqPHqryygIqF0b1matmSqqqynbllmcR5aZ2xpoamk6aOrcmV0q2OeXCYx61m2ZK7ta-SrXZgu4p-oMl9caqUo2mxsqevr4CGeJWwiHKYgtCqrZuqpJjEinFryGujaZOBg66_psCglop4nL2LYtuHlrKyiL19nbuJYau0a36kk32tssa6yXGZd4HSyXlqtYnRqoKLl4Z0xWWgaslrgn-BaYOSt82oqoOJcN-6enfVi5WZmpHRhqG5d36Ms2uchn18jrK3prOifauEz757hpSHp6VpkrqbYLx2eayza4KafaOkbLS3zqSBrJvPsa5_0Ia6sWuR4Jtt' rel='nofollow'>https://datasetgatklegacybundles-secondary.blob.core.windows.net/dataset?sv=2020-04-08&amp;si=prod&amp;sr=c&amp;sig=xBfxOPBqHKUCszzwbNCBYF0k9osTQjKnZbEjXCW7gU0%3D</a>'</p>

然后,使用azcopy下载资源:

# azcopy copy [source] [destination] [flags]
azcopy copy $gatklegacybundles_http_1 gatklegacybundles --recursive

由于这是文件夹下载,记得要加上--recursive参数,然后就可以等待资源下载就绪了。

好了,本文到此结束,带大家了解了《GATK资源包下载攻略及详细教程》,希望本文对你有所帮助!关注golang学习网公众号,给大家分享更多文章知识!

HTML轻松嵌入天气插件的妙招HTML轻松嵌入天气插件的妙招
上一篇
HTML轻松嵌入天气插件的妙招
a标签超链接语法及使用技巧
下一篇
a标签超链接语法及使用技巧
查看更多
最新文章
查看更多
课程推荐
  • 前端进阶之JavaScript设计模式
    前端进阶之JavaScript设计模式
    设计模式是开发人员在软件开发过程中面临一般问题时的解决方案,代表了最佳的实践。本课程的主打内容包括JS常见设计模式以及具体应用场景,打造一站式知识长龙服务,适合有JS基础的同学学习。
    542次学习
  • GO语言核心编程课程
    GO语言核心编程课程
    本课程采用真实案例,全面具体可落地,从理论到实践,一步一步将GO核心编程技术、编程思想、底层实现融会贯通,使学习者贴近时代脉搏,做IT互联网时代的弄潮儿。
    511次学习
  • 简单聊聊mysql8与网络通信
    简单聊聊mysql8与网络通信
    如有问题加微信:Le-studyg;在课程中,我们将首先介绍MySQL8的新特性,包括性能优化、安全增强、新数据类型等,帮助学生快速熟悉MySQL8的最新功能。接着,我们将深入解析MySQL的网络通信机制,包括协议、连接管理、数据传输等,让
    498次学习
  • JavaScript正则表达式基础与实战
    JavaScript正则表达式基础与实战
    在任何一门编程语言中,正则表达式,都是一项重要的知识,它提供了高效的字符串匹配与捕获机制,可以极大的简化程序设计。
    487次学习
  • 从零制作响应式网站—Grid布局
    从零制作响应式网站—Grid布局
    本系列教程将展示从零制作一个假想的网络科技公司官网,分为导航,轮播,关于我们,成功案例,服务流程,团队介绍,数据部分,公司动态,底部信息等内容区块。网站整体采用CSSGrid布局,支持响应式,有流畅过渡和展现动画。
    484次学习
查看更多
AI推荐
  • AI边界平台:智能对话、写作、画图,一站式解决方案
    边界AI平台
    探索AI边界平台,领先的智能AI对话、写作与画图生成工具。高效便捷,满足多样化需求。立即体验!
    423次使用
  • 讯飞AI大学堂免费AI认证证书:大模型工程师认证,提升您的职场竞争力
    免费AI认证证书
    科大讯飞AI大学堂推出免费大模型工程师认证,助力您掌握AI技能,提升职场竞争力。体系化学习,实战项目,权威认证,助您成为企业级大模型应用人才。
    427次使用
  • 茅茅虫AIGC检测:精准识别AI生成内容,保障学术诚信
    茅茅虫AIGC检测
    茅茅虫AIGC检测,湖南茅茅虫科技有限公司倾力打造,运用NLP技术精准识别AI生成文本,提供论文、专著等学术文本的AIGC检测服务。支持多种格式,生成可视化报告,保障您的学术诚信和内容质量。
    565次使用
  • 赛林匹克平台:科技赛事聚合,赋能AI、算力、量子计算创新
    赛林匹克平台(Challympics)
    探索赛林匹克平台Challympics,一个聚焦人工智能、算力算法、量子计算等前沿技术的赛事聚合平台。连接产学研用,助力科技创新与产业升级。
    667次使用
  • SEO  笔格AIPPT:AI智能PPT制作,免费生成,高效演示
    笔格AIPPT
    SEO 笔格AIPPT是135编辑器推出的AI智能PPT制作平台,依托DeepSeek大模型,实现智能大纲生成、一键PPT生成、AI文字优化、图像生成等功能。免费试用,提升PPT制作效率,适用于商务演示、教育培训等多种场景。
    577次使用
微信登录更方便
  • 密码登录
  • 注册账号
登录即同意 用户协议隐私政策
返回登录
  • 重置密码